研究方向主要包括：

　　一、高灵敏DNA损伤和核酸表观修饰分析

　　利用高分辨的LC-MS/MS技术发展超高灵敏的DNA损伤和核酸修饰分析方法，在复杂生物样品的预处理、痕量修饰的检测和新修饰形式的鉴定等方面进行了系统性研究。

　　二、单分子水平相互作用分析及DNA同源重组机制研究

　　利用自主研发的毛细管电泳-激光诱导荧光偏振和毛细管电泳-单分子成像装置研究生物大分子的相互租用，在DNA损伤修复和同源重组机制等研究领域取得了显著成果。

　　三、DNA N6-甲基腺嘌呤修饰全基因组测序、功能与调控机制

　　在国际上率先在高等真核生物果蝇基因组中检测到N6-甲基腺嘌呤修饰（m6A）,并鉴定出其去甲基化酶，相关成果以封面文章发表在 Cell 上，为表观遗传学研究开辟了新的方向。目前，m6A 的全基因组分布、生物学功能与更精确的调控机制还不是十分清楚，是当前的研究难点和热点。

　　四、环境小分子调控DNA甲基化效应与机制

　　我们在环境小分子与生物大分子的交互研究，尤其是在DNA甲基化的调控方面取得了一些列研究成果，筛选出了多种环境小分子（如维生素C、苯醌类化合物、蒽环类药物Ida 和重金属镍、镉等）可以与DNA 去甲基化酶交互作用，并揭示了四类不同的作用机制。